Se for realmente um órgão público deve preencher o campo em seu sistema onde solicita o CNPJ do ente federativo responsável, caso não seja um órgão precisa verificar qual classificação tributária está sendo usada no cadastro de sua empresa .
Tem outras opções que podem causar o mesmo erro no S-1000:
Descrição: Número de inscrição foi baixado ou não foi encontrado no Sistema CNPJ. Compareça à unidade local da RFB.
Descrição: Número de Inscrição está anulado ou não foi encontrado no Cadastro CNPJ da RFB.
Descrição: A data informada deverá ser maior ou igual à data de abertura da empresa
Descrição: A natureza jurídica informada é diferente da que consta no Sistema CNPJ da RFB. Regularize a situação.
